Le troisième cycle a pour objectif l'acquisition de connaissances et de compétences à la fois transversales à toutes les spécialités et spécifiques à la spécialité suivie en mobilisant les savoirs et savoir-faire préalablement acquis au cours du deuxième cycle des études de médecine, ou du deuxième cycle des études pharmaceutiques, le cas échéant, définis par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense.
Le troisième cycle des études de médecine est structuré en trois phases définies à l'article R. 632-20 du code de l'éducation et organisées pour permettre à l'étudiant d'acquérir progressivement l'autonomie et les compétences nécessaires à l'exercice de la médecine dans la spécialité qu'il prépare. Les enseignements sont dispensés en stage et hors stage. Ils figurent dans les maquettes définies par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense.
Les connaissances et compétences transversales à acquérir sont précisées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense. Les connaissances et compétences spécifiques à chaque spécialité sont précisées par phase dans chaque maquette de formation.