Les hôpitaux des armées peuvent être habilités par le ministre chargé de la santé à pratiquer les vaccinations exigées par le règlement sanitaire international, s'ils remplissent les conditions énumérées à l'article R. 3115-64.
Le ministre de la défense peut prêter, lors d'épidémies graves, le concours du service de santé des armées à la mise en œuvre d'une campagne de vaccinations massives. Les dépenses résultant directement de ces interventions sont prises en charge par le budget du ministère chargé de la santé.
Le service de santé des armées est habilité à réaliser des expertises biologiques et médicales spécialisées requérant l'utilisation d'installations ou d'appareillages particuliers.
Il peut contribuer aux plans d'urgence gouvernementaux dans le domaine de la santé.