Les membres du Conseil supérieur ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions au Conseil supérieur. Toutefois, ils sont indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006.
Outre les frais mentionnés à l'alinéa précédent, les personnalités qualifiées perçoivent, pour chaque séance du Conseil supérieur ou de la formation restreinte prévue à l'article R. 232-22 à laquelle ils participent, une indemnité forfaitaire dont le montant est fixé par arrêté du ministre de la justice et du ministre chargé du budget.