Conformément à l'article 4, les exploitants ferroviaires prévoient, dans leur système de gestion de la sécurité, les modalités de contrôle interne. Ce contrôle porte sur l'application et l'adéquation de ce système aux enjeux de sécurité.
Pour justifier de l'effectivité de ce contrôle, l'exploitant ferroviaire conserve une documentation appropriée durant une période minimale de trois ans. Cette documentation est tenue à la disposition du préfet.
Elle peut également être intégrée à une démarche de contrôle plus globale permettant d'atteindre les mêmes objectifs, notamment celle mise en œuvre en matière de sécurité et de protection du personnel.