La première réunion du conseil de surveillance est convoquée et présidée par le commissaire du Gouvernement qui en fixe l'ordre du jour. Celui-ci comprend l'élection du président et du vice-président du conseil de surveillance, l'avis sur la nomination des membres du directoire et l'information sur la préparation des conventions prévues au chapitre IV de l'ordonnance du 21 avril 2016 précitée.
Par dérogation au présent décret, le budget relatif au premier exercice est arrêté, sur proposition de Voies navigables de France, par le ministre chargé des transports et le ministre chargé du budget. Ce budget peut être modifié par le conseil de surveillance dès sa première réunion.