Le secrétariat général des ministères économiques et financiers comprend, outre le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité :
- la direction des ressources humaines ;
- le service des affaires financières et immobilières ;
- le service de la communication ;
- le service de l'environnement professionnel ;
- la délégation à la modernisation ;
- la délégation aux systèmes d'information ;
- la délégation à l'encadrement supérieur.
Le secrétaire général dispose, en outre, d'un cabinet ; la gestion des ressources communes des différentes composantes du secrétariat général lui est rattachée. Est également directement placée auprès du secrétaire général une mission ministérielle des achats dirigée par le responsable des achats des ministères économiques et financiers.