La commission spécialisée maladies infectieuses et maladies émergentes réunit l'expertise scientifique nécessaire à l'analyse de l'ensemble des questions liées aux maladies infectieuses et aux maladies émergentes, notamment aux principaux risques infectieux pouvant menacer la santé de la population et à l'évaluation des stratégies de gestion de ces risques.
Les directeurs généraux de l'Agence nationale de santé publique, de l'Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé, de l'Etablissement français du sang et le président du collège de la Haute Autorité de santé, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.