Le service du commissariat des armées relève du chef d'état-major des armées. Sans préjudice des attributions du secrétariat général pour l'administration, il est le service d'administration générale des armées et des organismes interarmées et participe à leur soutien comme à celui de la gendarmerie nationale pour l'exercice de ses missions militaires. Dans ce cadre, il conseille le commandement.
Il apporte, en outre, son concours à l'ensemble des organismes du ministère de la défense et peut être chargé, dans des conditions fixées par le ministre de la défense, d'assurer ses missions au profit d'organismes extérieurs au ministère.