A l'issue d'une procédure contradictoire, les obligés qui, au 31 décembre 2021, n'ont pas satisfait à l'obligation qui leur a été notifiée doivent verser au Trésor public une pénalité proportionnelle au nombre de certificats d'économie de produits phytopharmaceutiques manquants pour atteindre l'objectif dont le montant est arrêté par l'autorité administrative.
Le montant de cette pénalité par certificat d'économie de produits phytopharmaceutiques manquant est fixé par décret en Conseil d'Etat.
Le montant total des sommes qu'une même personne physique ou morale peut être tenue de verser à ce titre ne peut excéder cinq millions d'euros.
Les titres de recettes sont émis par l'autorité administrative et sont recouvrés comme en matière de créances étrangères à l'impôt et au domaine. Une majoration de 10 % du montant dû est appliquée pour chaque semestre de retard dans le paiement de la pénalité.