Le président du conseil d'administration est nommé par décret parmi les membres mentionnés au 1° du I de l'article 5, pour une durée de quatre ans, renouvelable. Le conseil d'administration élit en son sein deux vice-présidents appelés à suppléer le président en cas d'absence ou d'empêchement.
En cas de vacance de la présidence du conseil d'administration, pour quelque cause que ce soit, le premier vice-président ou, à défaut, le second vice-président, ou, si ce dernier est à son tour empêché, le préfet de Mayotte peut convoquer un conseil d'administration.
Le président et les deux vice-présidents composent le bureau. Le président du conseil d'administration préside le bureau. Le préfet de Mayotte, le directeur de l'environnement, de l'aménagement et du logement de Mayotte, ou leur représentant, le représentant de l'autorité chargée du contrôle budgétaire et l'agent comptable de l'établissement assistent également de droit aux réunions du bureau et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent. Le président du bureau peut inviter toute personne dont l'audition lui paraît utile.