Le Comité national de la biodiversité peut créer, en tant que de besoin, des groupes de travail ou des commissions spécialisées.
Les commissions spécialisées préparent les projets d'avis qui seront transmis au comité en vue de l'adoption de l'avis définitif. Elles sont constituées de membres du Comité national de la biodiversité, de représentants de l'Etat ou de ses établissements publics et de personnalités choisies en fonction de leur compétence et de leur qualification. Elles peuvent entendre toute personne et recueillir tout avis dans les domaines dont elles sont chargées.
Les modalités de création des commissions spécialisées et des groupes de travail, les conditions dans lesquelles leurs membres sont désignés et leurs règles de fonctionnement sont fixées par le règlement intérieur. Seuls les représentants des collèges disposant du droit de vote au comité ont droit de vote au sein d'une commission spécialisée.