L'agrément du contrôleur peut être retiré ou suspendu conformément aux dispositions du IV de l'article R. 323-18 du code de la route, soit par le préfet du département où les faits ont été constatés, soit par le préfet du département du centre de rattachement du contrôleur. Les mesures de retrait ou de suspension sont notamment applicables en cas de carence de qualification, en cas de réalisation non conforme d'un contrôle technique, notamment dans les points à contrôler, les modalités et méthodes de contrôles, les formalités finales ou conclusions dans le résultat du contrôle technique. En application des dispositions de l'article R. 323-18 du code de la route, l'agrément du contrôleur peut être retiré en cas de non-respect d'une décision administrative suspendant l'activité du contrôleur.
Avant toute décision, le préfet de département informe par écrit le contrôleur, le centre de contrôle où les faits ont été constatés ainsi que le centre de contrôle auquel le contrôleur est rattaché et les réseaux éventuellement concernés, de son intention de suspendre ou de retirer l'agrément du contrôleur en indiquant les faits qui lui sont reprochés et en lui communiquant ou en lui permettant d'accéder au dossier sur la base duquel la procédure est initiée.
Le contrôleur, le centre de contrôle où les faits ont été constatés ainsi que le centre de contrôle de rattachement du contrôleur et les réseaux éventuellement concernés disposent d'un délai d'un mois, à compter de la présentation du courrier, pour faire part de leurs observations par écrit.
Si le préfet de département envisage de suspendre ou retirer l'agrément, il organise une réunion contradictoire à laquelle sont invités le contrôleur, le centre de contrôle où les faits ont été constatés ainsi que le centre de contrôle de rattachement du contrôleur et les réseaux éventuellement concernés, avant que la sanction ne soit prononcée. Cette réunion est tenue postérieurement au délai d'un mois accordé pour faire part des observations.
Toute décision de suspension ou de retrait d'agrément est notifiée au contrôleur, au centre de contrôle où les faits ont été constatés, au centre de contrôle de véhicules légers auquel le contrôleur est rattaché, aux réseaux éventuellement concernés et à l'organisme technique central.
Dans le cas particulier du retrait d'agrément au motif du non-respect de la disposition de l'article L. 323-1 du code de la route portant sur l'absence de condamnation inscrite au bulletin n° 2 du casier judiciaire, le contrôleur peut demander un nouvel agrément dès que le bulletin n° 2 de son casier judiciaire répond aux exigences de l'article L. 323-1 du code de la route.