La commission supérieure du Conseil d'Etat élabore son règlement intérieur, qui est arrêté par décision du vice-président du Conseil d'Etat.

Le secrétariat de la séance est assuré par le secrétaire général du Conseil d'Etat. Un représentant élu est désigné par la commission pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.