En faveur des personnes ayant leur résidence habituelle en Guadeloupe, en Guyane, à la Martinique, à Mayotte, en Nouvelle-Calédonie, en Polynésie française, à La Réunion, à Saint-Barthélemy, à Saint-Martin, à Saint-Pierre-et-Miquelon et à Wallis-et-Futuna, le fonds de continuité territoriale finance des aides à la continuité territoriale, le passeport pour la mobilité en stage professionnel mentionné à l'article L. 1803-5-1 ainsi que des aides destinées aux étudiants de l'enseignement supérieur et aux élèves du second cycle de l'enseignement secondaire. Il finance également des aides liées aux déplacements justifiés par la formation professionnelle en mobilité.
Le fonds de continuité territoriale peut financer, dans des conditions prévues par la loi, des aides en faveur de personnes résidant en France métropolitaine.
Le fonds de continuité territoriale peut financer des aides et des mesures destinées à faciliter le retour des résidents ultramarins dans leur collectivité d'origine dans les cinq ans suivant l'accomplissement d'une période de formation en mobilité.