Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an à l'initiative de son président. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la culture ou du quart de ses membres.
Les membres du conseil d'administration mentionnés au 3° de l'article 8 peuvent donner, par écrit, mandat à un autre membre afin de les représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur de l'établissement, le secrétaire général, le conservateur du musée national Jean-Jacques Henner, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances toute autre personne dont il juge la présence utile.