Dans le cadre des projets scientifiques et culturels respectifs du musée national Jean-Jacques Henner et du musée national Gustave Moreau, l'établissement a pour missions :
1° De conserver, protéger, restaurer, enrichir et mettre en valeur, pour le compte de l'Etat, les collections inscrites sur les inventaires des musées, dont il a la garde ;
2° D'assurer l'accueil du public le plus large, de développer la fréquentation des musées et de favoriser la connaissance de ses collections par tout moyen approprié ;
3° D'assurer l'étude scientifique de ses collections ;
4° De concourir à l'éducation, la formation et la recherche dans le domaine de l'histoire, de l'histoire de l'art et de la muséographie ;
5° De préserver, gérer et mettre en valeur les immeubles mis à sa disposition dans les conditions prévues à l'article 7 ainsi que des biens, autres que les collections, donnés ou légués à l'Etat ;
6° D'apporter son concours à toute étude, recherche ou publication sur l'œuvre de Jean-Jacques Henner et sur l'œuvre de Gustave Moreau.
Pour l'accomplissement de ses missions, il coopère avec les collectivités publiques ainsi qu'avec les organismes publics ou de droit privé, français ou étrangers, notamment les autres musées nationaux, qui poursuivent des objectifs répondant à sa vocation.