Les comptes de l'autorité sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet des adaptations nécessaires après approbation par le ministre chargé du budget et le ministre chargé des transports.


L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice et le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations.


Le compte financier est préparé et présenté par l'agent comptable, puis soumis pour approbation au collège de l'autorité par le président. Le compte financier ainsi approuvé est transmis à la Cour des comptes par le président, accompagné des délibérations relatives au budget, à ses modifications et au compte financier ainsi que de tout autre document demandé par les ministres mentionnés au premier alinéa ou par la Cour dans les quatre mois suivant la clôture de l'exercice.