L'autorité est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.


L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement, dans les conditions prévues à l'article 60 de la loi de finances n° 63-156 du 23 février 1963 portant loi de finances pour 1963 et du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés. Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité, du recouvrement du droit fixe et des rémunérations pour service rendu mentionnés à l'article L. 1261-19, du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.


L'ordonnateur est chargé, le cas échéant, de la comptabilité analytique. Il peut en confier la tenue à l'agent comptable.


L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président de l'autorité.