Pour les installations classées soumises à enregistrement constituant un élément de l'infrastructure militaire et réalisées dans le cadre d'opérations secrètes intéressant la défense nationale, les dispositions des articles R. 512-46-11 à R. 512-46-15 ne sont pas applicables. L'instruction du dossier est poursuivie par l'autorité militaire compétente et l'enregistrement est délivré par décret pris sur proposition du ministre de la défense.