La demande d'autorisation prévue par l'article L. 331-6 est soumise au préfet, qui statue après avis du conseil scientifique régional du patrimoine naturel concerné.
Le silence gardé par le préfet pendant plus de quatre mois sur la demande d'autorisation vaut décision de rejet.
L'autorisation n'est pas requise pour les travaux d'entretien normal.
Lorsque les travaux, constructions ou installations ne sont pas soumis à l'article R. 122-2, les demandes d'autorisations faites en application de l'article L. 331-6 comprennent des éléments suffisants permettant d'apprécier les conséquences de l'opération sur l'espace protégé et son environnement. Ces éléments sont précisés par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature.