I. – Par dérogation aux dispositions du présent chapitre, pour les projets relevant de l'article L. 217-1 ou de l'article L. 517-1, l'autorité administrative compétente est le ministre de la défense et le service coordonnateur est désigné par ce ministre.
II. – La procédure d'enquête publique prévue par l'article L. 181-9 est dirigée par le préfet à l'initiative du ministre de la défense.
A la demande du ministre, le préfet disjoint du dossier soumis à l'enquête et aux consultations les éléments de nature à entraîner la divulgation de secrets de défense nationale.
Le rapport d'enquête publique, ainsi que les avis recueillis, sont transmis par le préfet au ministre de la défense.
L'arrêté du ministre de la défense accordant ou refusant l'autorisation environnementale est communiqué au préfet, qui effectue les formalités prévues par l'article R. 181-44.
III. – Lorsque des projets sont réalisés dans le cadre d'opérations secrètes intéressant la défense nationale, les articles R. 181-4 à R. 181-11, R. 181-17 à R. 181-39, R. 181-41, R. 181-42, R. 181-44, R. 181-52 et le dernier alinéa de l'article R. 181-53 ne s'appliquent pas.
L'instruction du dossier est effectuée par l'autorité militaire compétente et l'autorisation est délivrée par décret pris sur proposition du ministre de la défense. L'absence de décision à l'issue d'un délai de neuf mois à compter de la délivrance de l'accusé de réception mentionné à l'article R. 181-16 vaut décision de rejet.