- la sous-direction des missions ;
- la sous-direction des métiers et de l'organisation des services ;
- la sous-direction de la sécurité pénitentiaire ;
- la sous-direction du pilotage et du soutien des services ;
- la sous-direction des ressources humaines et des relations sociales.
Elle comprend également :
- le cabinet de la direction ;
- le département de la communication ;
- la mission de contrôle interne ;
- le service de l'emploi pénitentiaire, service à compétence nationale.
Le directeur de l'administration pénitentiaire est assisté par un chef de service, adjoint au directeur, chargé notamment de la coordination des dossiers transversaux. Il est également assisté d'un directeur de cabinet.