Les conditions et modalités de retrait de l'habilitation sont définies par l'article 42-2 du décret n° 84-810 modifié du 30 août 1984. Le ministre chargé de la mer peut retirer l'habilitation d'un organisme, après avis de la commission centrale de sécurité.

Le retrait peut être prononcé dans les cas suivants :

1. L'organisme ne respecte pas les obligations et relations de travail définies par l'article 140.20 ;

2. L'organisme ne présente plus les garanties de compétence et d'indépendance vis-à-vis des personnes ou groupements de personnes intéressées par les résultats des vérifications, de son expérience et des moyens dont il dispose pour l'exécution de ses missions ;

3. Le système de management de la qualité selon la norme ISO 9001 : 2008 de l'organisme, lorsque cela est requis, n'est plus certifié ;

4. L'organisme n'a pas communiqué un rapport d'activité annuel justifiant de son activité dans le domaine pour lequel il est habilité.

Les décisions de retrait sont publiées par un arrêté modifiant l'annexe 140-A.3 Liste des Organismes habilités et de leurs compétences respectives de la présente division. Le retrait prend effet à la date de publication de l'arrêté.