Les sièges au conseil scientifique de l'Agence française pour la biodiversité réservés aux représentants du personnel sont répartis à la représentation proportionnelle à la plus forte moyenne des voix obtenues par chaque organisation syndicale lors des élections aux comités techniques organisées en 2013 et en 2014 au sein des organismes auxquels se substitue l'Agence française pour la biodiversité.
Les représentants du personnel au conseil scientifique de l'établissement sont désignés en raison de leurs compétences scientifiques et techniques par les organisations syndicales parmi les agents en fonctions dans les services constituant l'Agence française pour la biodiversité.