Le ministre chargé de l'agriculture et le ministre chargé de l'environnement arrêtent chaque année le programme national, après avis du comité d'orientation stratégique et de suivi mentionné à l'article L. 131-15. Ils peuvent modifier ce programme en cours d'année pour tenir compte des recettes effectivement affectées à l'agence ou des enseignements tirés de la mise en œuvre du programme par l'agence.