Le centre des archives de l'armement et du personnel civil est organisé en départements et bureaux :
— département du contrôle scientifique et de la collecte ;
― département des archives de l'armement ;
― département des archives du personnel civil ;
― bureau des publics et de la valorisation ;
― bureau du pilotage, de la qualité et de la prévention.
Le centre des archives de l'armement et du personnel civil constitue un organisme extérieur.