La Caisse nationale est administrée par un conseil d'administration composé des représentants des caisses de base élus par leur conseil d'administration.
Les dispositions des articles L. 224-10 et L. 281-5 lui sont applicables.
Le conseil peut siéger en sections professionnelles pour délibérer sur les questions propres à une ou plusieurs catégories de professions.
L'Etat est représenté auprès du conseil d'administration par des commissaires du Gouvernement.