Outre le président du conseil d'administration nommé dans les conditions prévues à l'article L. 131-10, un ou des vice-présidents sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'environnement parmi les membres du conseil d'administration. En cas d'absence ou d'empêchement du président, les vice-présidents le suppléent, dans l'ordre de leur nomination.
Le président du conseil d'administration ainsi que le ou les vice-présidents ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs.