Le conseil d'administration se réunit aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au moins trois fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre chargé de l'environnement ou par le tiers au moins des membres du conseil sur un ordre du jour déterminé.
La convocation comportant l'ordre du jour et les documents nécessaires à l'examen des points qui y sont inscrits sont transmis aux administrateurs ainsi qu'au contrôleur budgétaire et au commissaire du Gouvernement dix jours ouvrés au moins avant la date de la réunion du conseil.
En cas d'urgence, le délai de transmission de la convocation et des documents nécessaires à l'examen des points qui y sont inscrits peut être réduit à cinq jours. La convocation mentionne le motif de l'urgence.
Le conseil d'administration ne délibère valablement que si au moins la moitié de ses membres sont présents ou représentés, ou participent à la séance par un moyen de visioconférence ou de communication électronique permettant l'identification des administrateurs concernés et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité de leurs votes lorsque le scrutin est secret.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximal de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, le président a voix prépondérante.
Les membres du conseil d'administration et les personnes appelées à y siéger à titre consultatif sont tenus au secret des délibérations.
Les délibérations font l'objet de procès-verbaux signés par le président et par le directeur général de l'établissement. Ils sont adressés aux membres du conseil d'administration ainsi qu'au ministre chargé de l'environnement et, s'il y a lieu, aux autres ministres intéressés, dans les quinze jours qui suivent la séance.