Le directeur de l'eau et de la biodiversité au ministère chargé de l'environnement exerce les fonctions de commissaire du Gouvernement auprès de l'Agence française pour la biodiversité. En cas d'empêchement, il est suppléé par un agent placé sous son autorité.
Le commissaire du Gouvernement s'assure que la politique générale de l'établissement définie par le conseil d'administration est conforme aux missions définies à l'article L. 131-9.
Pour l'exercice de ses missions, il peut :
1° Faire connaître au conseil d'administration, aux comités d'orientation ou au conseil scientifique la position du Gouvernement sur les questions examinées et formuler les observations qui lui paraissent nécessaires conformément aux orientations générales arrêtées par le Gouvernement ;
2° Demander l'inscription de toute question à l'ordre du jour d'une réunion du conseil d'administration, des comités d'orientation ou du conseil scientifique ;
3° Demander la réunion extraordinaire du conseil d'administration sur un ordre du jour déterminé ;
4° Se faire communiquer tout document et procéder ou faire procéder sur pièces ou sur place à toute vérification qu'il juge utile.
Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer, dans les quinze jours suivant la réunion de l'organe délibérant si lui-même y a assisté ou, à défaut, suivant la réception de la décision, à toute décision du conseil d'administration ou des comités d'orientation et demander une seconde délibération. Toutefois, il ne peut s'opposer aux délibérations soumises à l'approbation du ministre de tutelle et du ministre chargé du budget en application du dernier alinéa de l'article R. 131-28-11.
L'opposition est motivée, copie en est adressée au ministre chargé de l'environnement.
La seconde délibération intervient au plus tard dans un délai d'un mois après la notification de l'opposition du commissaire du Gouvernement. Si, après une seconde délibération, le désaccord subsiste, il est porté devant le ministre de tutelle. A défaut de confirmation expresse du ministre chargé de l'environnement, dans un délai d'un mois à compter de l'adoption de la seconde délibération, l'opposition est réputée levée.