La création d'une agence régionale de la biodiversité, en application de l'article L. 131-8, fait l'objet d'une convention entre l'Agence française pour la biodiversité et les partenaires intéressés, notamment des collectivités territoriales, hormis le cas où elle est constituée sous la forme d'un établissement public de coopération environnementale mentionné à l'article L. 1431-1 du code général des collectivités territoriales.
Cette convention précise notamment le statut de l'agence régionale de la biodiversité, ses modalités d'organisation et de fonctionnement, les missions exercées et les moyens délégués à cet effet, les modalités de gestion des agents publics qui y sont affectés et le cas échéant, de leur mise à disposition ou de détachement, dans le respect des droits et obligations statutaires.
La convention est soumise à l'avis du comité technique de l'Agence française pour la biodiversité.