Outre les missions déterminées par décret en application de l'article L. 313-2, et dans le cadre des missions déterminées par l'article L. 313-1, l'Etat ou tout autre personne morale chargée d'une mission de service public peut confier à l'agence par voie de convention :
1° La gestion de dispositifs d'aides relevant de sa compétence.
Dans ce cas, l'agence assure notamment, selon les modalités précisées par la convention particulière qu'elle passe avec le donneur d'ordre concerné :
a) La gestion des dossiers des bénéficiaires des aides ;
b) La mise en œuvre des paiements et le recouvrement des indus ;
c) La mise en œuvre d'un dispositif de contrôle interne des procédures et des droits des bénéficiaires ;
d) La mise à disposition du donneur d'ordre, pour chaque dispositif, de restitutions de données physiques et financières à des fins de pilotage, de justification de l'utilisation des fonds, de contrôle de gestion et d'exploitation statistique. Le système d'information de l'agence doit notamment garantir la traçabilité de tous les engagements et les paiements intervenus au titre du dispositif concerné ;
La convention doit prévoir les modalités et la périodicité de la reddition des comptes, ainsi que la périodicité de transmission et la nature des pièces justificatives des opérations de dépenses et de recettes, dans les conditions prévues par l'article 50 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. La reddition des comptes et des pièces justificatives doit être au moins annuelle.
2° Des prestations d'assistance technique et administrative telles que prévues à l'article L. 313-1.