Un commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la formation professionnelle et de l'emploi, est placé auprès de l'établissement. Il est suppléé en cas d'empêchement par un commissaire suppléant désigné selon les mêmes modalités. Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations, ordres du jour, procès-verbaux et tous autres documents adressés aux membres du conseil.
Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives, et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.
Il dispose d'un droit de veto à l'égard des délibérations du conseil d'administration Il exerce ce droit dans les quinze jours qui suivent soit la réunion, s'il y a assisté ou y était représenté, soit la réception du procès-verbal de la séance. Le veto du commissaire du Gouvernement a un caractère suspensif jusqu'à ce que les ministres de tutelle se soient prononcés.A défaut de décision expresse de ces ministres dans un délai de vingt jours à compter de l'exercice du droit de veto, la décision devient exécutoire.
Lorsque le commissaire du Gouvernement ou un ministre demande par écrit des informations ou documents complémentaires, les délais mentionnés au précédent alinéa sont suspendus jusqu'à la production de ces informations ou documents.