Le ministre chargé des ports maritimes désigne parmi les commissaires du Gouvernement des établissements concernés un commissaire coordonnateur. Celui-ci assiste aux délibérations du conseil de coordination interportuaire.
Les décisions du conseil lui sont soumises dans les conditions définies à l'article R. 5312-25.
Un membre du contrôle général économique et financier peut être associé aux travaux du conseil à sa demande.