Un comité de pilotage veille à la bonne gestion du fonds et notifie les ordres d'affectation de ses ressources à l'Agence française de développement. Ces décisions d'affectation sont signées conjointement par le ministre de l'économie et des finances, par le ministre chargé de la coopération et du développement et par le ministre chargé du budget.
Lors de sa première réunion de l'année, il établit un échéancier prévisionnel des versements. Il prépare les décisions d'affectation correspondant aux versements des six premiers mois de l'année.