Le directeur général est nommé pour cinq ans, par décret pris sur le rapport des ministres chargés de l'industrie et des communications électroniques, après avis du conseil d'administration.
Il est procédé à un appel à candidatures publié au Journal officiel de la République française. Chaque candidat à la fonction de directeur général présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'institut. Un arrêté conjoint des ministres chargés des communications électroniques et de l'industrie précise les modalités de l'appel public à candidatures et définit la composition du comité chargé d'émettre un avis motivé sur les candidatures reçues et de les sélectionner. Ce comité comprend au moins une personnalité du monde académique et une personnalité du monde économique choisies pour leurs compétences dans les domaines d'activité de l'institut ainsi qu'un membre du conseil général de l'économie, de l'industrie, de l'énergie et des technologies.
L'avis du conseil d'administration mentionné au premier alinéa porte, pour le candidat proposé, sur ses aptitudes à occuper la fonction et sur la pertinence de son projet pour l'établissement.
Il peut être renouvelé une fois pour une durée égale sur proposition du conseil d'administration, par décret pris sur le rapport des ministres chargés de l'industrie et des communications électroniques. En cas de refus de l'un des deux ministres de la proposition du conseil d'administration de procéder au renouvellement du mandat, il est procédé à un nouvel appel à candidatures.
Les fonctions de directeur général sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'institut, de toute fonction élective.
Sous l'autorité du directeur général, un secrétaire général est chargé de la gestion de cet établissement. Il est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'industrie et des communications électroniques, sur proposition du directeur général.