La SIMMAD est dirigée par un directeur central, officier général.
Le directeur central est assisté par :
1° Deux adjoints au directeur central, officiers généraux, qui peuvent le suppléer ;
2° Deux officiers supérieurs, qui peuvent assurer sa suppléance en cas d'absence ou d'empêchement de ses adjoints ;
3° Les bureaux suivants :
a) Le bureau des contrôles internes ;
b) Le bureau qualité interne-qualité navigabilité ;
c) Le bureau des systèmes d'information.
En outre, le directeur central de la SIMMAD peut disposer de chargés de mission.