La prise d'effet du contrat est subordonnée à la fourniture au co-contractant de l'attestation de conformité établie postérieurement à l'achèvement de l'installation, conformément aux dispositions prévues par l'article R. 314-7 du code de l'énergie. La délivrance de cette attestation intervient dans un délai de deux ans à compter de la date de demande complète de contrat par le producteur. En cas de dépassement de ce délai, la durée du contrat est réduite de la durée du dépassement. Pour les demandes complètes de contrat déposées à l'issue d'un délai de trois mois après la publication du décret n° 2020-1079 du 21 août 2020 supprimant l'éligibilité au complément de rémunération et à l'obligation d'achat pour les installations de cogénération d'électricité et de chaleur valorisée à partir de gaz naturel, la durée du contrat est réduite du triple de la durée du dépassement.
La date de prise d'effet du contrat est la date souhaitée par le producteur après fourniture des attestations susmentionnées, cette date étant librement fixée dans le cas d'un contrat d'achat mais étant nécessairement un premier du mois dans le cas d'un contrat de complément de rémunération. Cette date doit être notifiée par le producteur au co-contractant au moins quinze jours à l'avance, par voie postale ou par voie dématérialisée, la charge de la preuve de l'envoi reposant sur le producteur en cas de litige.
Pour les installations sous contrat d'achat, la prise d'effet du contrat ne peut être antérieure au rattachement au périmètre d'équilibre choisi par le co-contractant.