Le conseil scientifique et d'orientation se réunit en séance plénière au moins une fois par an sur convocation du directeur de l'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire, qui fixe l'ordre du jour après consultation des présidents des deux collèges.
La présidence du conseil scientifique et d'orientation en séance plénière est assurée, à tour de rôle pour chaque réunion du conseil, par le président du collège partenarial et par le président du collège scientifique.
Le conseil scientifique et d'orientation en séance plénière délibère sur les orientations, propositions, avis, recommandations et travaux du service inscrits à l'ordre du jour.
Il délibère également sur tout autre point concernant le domaine de compétence du conseil et inscrit à l'ordre du jour.