Sauf en ce qui concerne le marin blessé ou malade, pris en charge par son armateur ou par la caisse générale de prévoyance, l'affiliation à la caisse générale de prévoyance entraîne versement d'une cotisation personnelle et d'une contribution patronale dans les conditions fixées aux articles L. 5553-1 à L. 5553-5 et L. 5553-15 du code des transports.
Quand une période de service n'est admise en compte que partiellement pour la pension de retraite sur la caisse de retraites des marins, les cotisations et contributions restent dues à la caisse générale de prévoyance pour la totalité de la période en cause.