Le directeur général de l'Ecole navale est assisté par un directeur général adjoint, qui le seconde et le supplée.
Il est également assisté par un directeur de la formation, un directeur de la recherche, un directeur du développement et des partenariats et un directeur des services, chargé de la gestion de l'école.
Il peut déléguer sa signature aux responsables mentionnés aux deux alinéas précédents, dans la limite de leurs attributions.
Les fonctions mentionnées au deuxième alinéa sont précisées par le règlement intérieur général de l'établissement.
Le directeur général adjoint et le directeur de la formation sont des officiers supérieurs du corps des officiers de marine.
Le directeur général adjoint, le directeur de la formation et le directeur des services sont nommés par arrêté du ministre de la défense.
Le directeur de la recherche et le directeur du développement et des partenariats sont nommés par le directeur général, après avis du conseil d'administration.