Les élèves et stagiaires français de l'école servant sous statut militaire sont soumis, pour ce qui concerne la discipline, aux dispositions du code de la défense. Les élèves et stagiaires étrangers servant sous statut militaire sont soumis au régime disciplinaire applicable aux élèves français de l'Ecole navale servant sous statut militaire.
Les étudiants en doctorat salariés sont soumis, pour ce qui concerne la discipline, aux dispositions du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'Etat pris pour l'application de l' article 7 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat.