La Cité de l'architecture et du patrimoine est organisée en départements et services auxquels sont confiées les missions définies au deuxième alinéa de l'article L. 142-1. La politique scientifique, culturelle et pédagogique de l'établissement est mise en œuvre au sein des départements.
Le Musée des monuments français et le Centre des hautes études de Chaillot dit " Ecole de Chaillot " sont chacun rattachés à un département.