Le directeur du renseignement et de la sécurité de la défense est assisté d'un adjoint qui le seconde et le supplée.
L'adjoint au directeur a autorité sur l'ensemble du service ; il est également sous-directeur de la contre-ingérence.
L'adjoint au directeur est notamment chargé de coordonner l'activité opérationnelle du service.
Le directeur du renseignement et de la sécurité de la défense est également assisté par le sous-directeur de la stratégie et des ressources et le sous-directeur des centres nationaux d'expertises, qui le suppléent en cas d'absence ou d'empêchement de l'adjoint au directeur, sous-directeur de la contre-ingérence.