Les poursuites devant la Cour ne font pas obstacle à l'exercice de l'action pénale et de l'action disciplinaire.
Si l'instruction permet ou a permis de relever à la charge d'une personne mentionnée à l'article L. 312-1 des faits qui paraissent de nature à justifier une sanction disciplinaire, le président de la Cour signale ces faits à l'autorité ayant pouvoir disciplinaire sur la personne mise en cause. Cette autorité doit, dans le délai de six mois, faire connaître au président de la Cour par une communication motivée les mesures qu'elle a prises.
Si l'instruction fait apparaître des faits susceptibles de constituer des délits ou des crimes, le procureur général transmet le dossier au procureur de la République dans les conditions prévues à l'article 40 du code de procédure pénale et avise de cette transmission le ministre ou l'autorité dont relève la personne mise en cause.
Le ministère public peut transmettre au procureur de la République, de sa propre initiative ou à la demande de ce dernier, la copie de toute pièce d'un dossier de procédure qui intéresse une enquête pénale.
Si la Cour estime, en statuant sur les poursuites, qu'une sanction disciplinaire peut être encourue, elle communique le dossier à l'autorité compétente. Cette autorité doit, dans le délai de six mois, faire connaître à la Cour, par une communication motivée, les mesures qu'elle a prises.
Le procureur de la République peut transmettre au ministère public près la Cour de discipline budgétaire et financière, de sa propre initiative ou à la demande de ce dernier, la copie de toute pièce d'une procédure judiciaire relative à des faits de nature à constituer des infractions prévues et sanctionnées par les articles L. 313-1 à L. 313-14.