L'affectation d'un magistrat des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel est prononcée par arrêté du vice-président du Conseil d'Etat. Toutefois, la première nomination d'un magistrat des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel dans l'une des fonctions prévues respectivement par les articles L. 234-3, L. 234-4 et L. 234-5 est prononcée par décret du Président de la République.
Les affectations des magistrats des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel sont effectuées en prenant notamment en compte les emplois vacants, l'intérêt du service au sein de la juridiction d'accueil et, le cas échéant, de la juridiction d'origine, ainsi que les intérêts familiaux et personnels dont les intéressés font état.