Le conseil comprend un secrétaire général nommé parmi ses membres.
Il est chargé des missions suivantes :
-animer, en lien avec les membres du conseil, les ateliers collaboratifs mis en place, le cas échéant, par le conseil de la simplification ;
-assurer, en lien avec les membres du conseil, le suivi de la mise en œuvre des mesures de simplification pour les entreprises décidées par le Gouvernement ;
-représenter, en tant que de besoin, le conseil à la demande des deux présidents auprès des associations professionnelles et dans le cadre des actions de communication sur les mesures de simplification.
Le conseil de la simplification s'appuie pour son fonctionnement sur les services du Premier ministre qui en assurent le secrétariat permanent.