Le préfet statue sur les demandes d'autorisation. Lorsque la demande porte sur le fond de la mer, le préfet assortit les autorisations qu'il délivre des prescriptions qui sont demandées, le cas échéant, par le préfet maritime. Il refuse l'autorisation dans le cas d'un avis défavorable motivé du préfet maritime.
En cas d'autorisation, le préfet fait connaître préalablement au demandeur les prescriptions, notamment celles demandées, le cas échéant, par le préfet maritime, dont il entend assortir son arrêté. Ces prescriptions portent notamment sur les mesures de contrôle des ouvrages et des installations, sur la surveillance de leurs effets sur l'eau et sur l'environnement, sur les conditions dans lesquelles doivent être portés à la connaissance du public les analyses, les mesures et les résultats des contrôles éventuellement exigés, ainsi que sur les moyens d'intervention dont doit disposer le bénéficiaire en cas d'incident ou d'accident. Pour les demandes mentionnées au 4° de l'article 3, les prescriptions comprennent l'indication des conditions dans lesquelles devront être effectués les tests d'étanchéité. Le demandeur dispose d'un délai de quinze jours pour présenter ses observations éventuelles par écrit, directement ou par un mandataire, sur les prescriptions envisagées.
Le silence gardé par le préfet pendant plus de douze mois sur la demande d'autorisation vaut décision de rejet. Toutefois, s'il a été fait application de la procédure prévue à l'article 68-16 du code minier, le préfet statue sur la demande d'autorisation d'ouverture de travaux dans le délai d'un mois à compter de la publication au Journal officiel de l'arrêté du ministre chargé des mines statuant sur la demande de permis d'exploitation.
L'arrêté du préfet est publié au recueil des actes administratifs de la préfecture et, en outre, par extrait, dans les journaux où l'avis d'enquête a été inséré. Cette dernière publication est faite aux frais du demandeur.
L'autorisation de travaux de recherches ou d'exploitation ou le rejet de la demande sont notifiés, par le préfet, aux autorités des Etats consultés en application de l'article R. 122-10 du code de l'environnement.