La commission se réunit sur convocation de son président et dans les conditions fixées par les articles R. 133-1 à R. 133-15 du code des relations entre le public et l'administration.
Les membres de la Commission nationale d'agrément peuvent demander à entendre le représentant de l'établissement de formation préalablement à la séance de la commission au cours de laquelle est étudiée la demande d'agrément de l'établissement.
La direction générale de l'offre de soins assure le secrétariat de la commission.