Le contrat doctoral peut être prolongé par avenant deux fois pour une durée maximale d'un an chacune.
Lorsque le doctorant contractuel relève de l'une des dispositions des 1°, 2°, 3°, 4°, 9°, 10° et 11° de l'article L. 5212-13 du code du travail, le contrat peut être prolongé d'un an supplémentaire.
Ces prolongations sont accordées par le président ou le directeur de l'établissement au vu de la demande motivée, présentée par l'intéressé, sur proposition du directeur de l'école doctorale après avis du directeur de thèse et du directeur de l'unité ou équipe de recherche concernée.